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Company News:
孟德尔GWAS数据库分享 - DXY. cn GWAS Catalog是EMBL-EBI旗下的一个数据库,收录了比较全的公开发表的GWAS数据 常用的有以下3个模块: 1 Search 可以根据以下多种条件进行检索 发表的论文 遗传位点(SNP) 表型,性状 基因 染色体上某个区域 2 Diagram 以疾病为单位进行检索,查看每种疾病所有相关SNP位点的结果,结果展示了所有关联的SNP
gwas catalog 进去是这样的,没有搜索的符号,有没有什么 . . . gwas catalog 进去是这样的,没有搜索的符号,有没有什么办法解决呢?
gwas catalog没有反应是什么情况? - 知乎 gwas catalogの検索機能が反応しない問題についての質問と議論。
公共数据挖掘|已有GWAS数据的下载及挖掘(一) - DXY. cn 今天和大家分享一下,我们如何得到GWAS数据,包括原始数据和GWAS summary 数据。 首先要感想先驱们的共享精神,愿意分享他们的数据到公共数据库中,供全世界范围内的科研人员再利用。 数据共享在如今的GWAS成果中发挥着重要的作用,是基因研究领域的一大特色。
从零开始的孟德尔随机化 - 知乎 一、MR需要什么数据? GWAS Summary 从上一篇得知,MR是一种利用工具变量来评估暴露与结果之间因果关系的统计方法。而其工具变量一般是选择从GWAS获得的SNPs。 所以,如果我们说获取MR分析的数据集,一般就是指的GWAS数据集。而一般情况下,我们能够从文献和数据库获取的数据都是GWAS Summary,而非
做孟德尔随机化,gwas catalog数据库中harmonised的数据 . . . 做孟德尔随机化,gwas catalog数据库中harmonised的数据,可直接用原始p、se吗? p和se值没有harmonised后的,只有原始数据的,其余数据有harmonised后的数据, 显示全部 关注者 1
mGWAS server 打不开? - 知乎 为啥代谢组GWAS数据网站,http: metabolomics helmholtz-muenchen de gwas 打不开,有没有做这方面的大…
在gwas研究中如何寻找最显著的SNP值,然后再根据这个 . . . 最显著的SNP指的是P值最小的点,在GWAS研究中一般认为P<5*10-8的点是有显著关联的。 比较早的GWAS研究是直接把这些P<5*10-8拿出来作为易感位点,后来会进一步用conditional 分析去寻找locus上的second signal,或者用stepwise 回归寻找可靠的causal SNP set(也叫做fine-mapping,精细定位)。 但是这些分析一般需要用
GWAS数据如何做meta分析? - 知乎 为什么需要做meta分析 群体分层是GWAS研究中一个比较常见的假阳性来源 也就是说,如果数据存在群体分层,却不加以控制,那么很容易得到一堆假阳性位点。 当群体出现分层时,常规手段就是将分层的群体独立分析,最后再做meta分析。 1 如何判断群体是否分层 先用plink计算PCA,具体方法详见链接
怎么通过数据库检索某基因SNP与疾病的关系? - 知乎 dbSNP Summary,这个是专门查snp的,或者可以看看这个 a database of gene-disease associations,它通过大量 GWAS 研究数据统计展示基因,variants,disease的关系