CHAPLIN LIBRARYBusiness Directories,Company Directories

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Company Directories & Business Directories

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Company News:

GSEA和GSVA，再也不用去下载gmt文件咯 - 简书
那么以后想做GSEA和GSVA，就可以不用去下载gmt文件啦！ exp_Group_deg Rdata里面有三个数据，可以在生信星球公众号后台回复“gsva775”获取,也可以用自己的数据去生成，exp是个芯片表达矩阵，Group是表示分组信息的因子型数据，deg是它的limma差异分析结果。可以看到，包里和网页上一样，都是这些个collection kegg 在C2,GO 在C5。 dplyr::select(gs_exact_source,gene_symbol) 这个数字会随着数据库的更新而发生改变的 dplyr::select(gene_symbol,gs_exact_source,gs_subcat) 可以看到GO包括的基因数量多很多。
raved c2. cp. kegg. v7. 4. symbols. gmt at master - GitHub
Reproducible Analysis and Validation of Expression Data - HimesGroup raved
R读取gmt文件 - 知乎
c2 cp kegg v7 0 symbols gmt这个文件里面保存的是基因的名字，而c2 cp kegg v7 0 entrez gmt这个文件里面保存的是基因的Entrez gene id， Entrez gene id一般是以一串数字代表一个基因，这串数字直接贴到NCBI里面就可以查找到对应的基因名字了。下面我们会用两种不同的方法来将KEGG symbol的gmt文件读到R里，并转换成列表。由于gmt文件的每一行都是不一样长的，所以传统的read table在这里是毫无用武之地的。方法一： x <- readLines("c2 cp kegg v7 0 symbols gmt")
MSigDB教程：基因集检索与gmt文件下载-CSDN博客
分子特征数据库 (MSigDB) 是一个收录了带有注释的基因集的数据库，可与 GSEA 软件一起使用。从这个网站，您可以进行如下活动： MSigDB中的所有基因集被划分为九大模块，包括H（hallmarker gene sets）、C1（positional gene sets）、C2（curated gene sets）等。如何下载基因集？文章浏览阅读9 9k次，点赞3次，收藏37次。包括H（hallmarker gene sets）、C1（positional gene sets）、C2（curated gene sets）等。分子特征数据库 (MSigDB) 是一个收录了带有注释的基因集的数据库，可与 GSEA 软件一起使用。
Human MSigDB Collections
The C2 collection is divided into the following two subcollections: Chemical and genetic perturbations (CGP) and Canonical pathways (CP) details Gene sets represent expression signatures of genetic and chemical perturbations
gmt格式文件的读取方式 - GitHub Pages
kegg_geneset4 <- GSEABase::getGmt("c2 cp kegg v7 0 symbols gmt") #list中的list, "GeneSetCollection" kegg_geneset5 <- cogena::gmt2list("c2 cp kegg v7 0 symbols gmt") #list
KEGG通路数据库下载 (人种) - 简书
下载到 gmt 格式文件使用 GSEABase 包的 getGmt 函数读取。这个下的可能有点旧，目前 (2019 11 27)版本是v7 0共186条KEGG通路，显然比目前KEGG网站收录的少。
gsea或者gsva所需要的gmt文件 - 知乎
首先呢，clusterProfiler重新改写了gmt文件和做gsea的方法，所以代码稍微有一点点不同。仍然是需要在msigdb数据库网页可以下载全部的基因集，我这里方便起见，仅仅是下载 h all v7 2 symbols gmt文件：
生信笔记 | 自定义GSEA分析中的gmt格式文件-CSDN博客
本文介绍如何使用R语言创建自定义的gmt格式文件，gmt文件常用于基因集合分析中。 gmt文件由基因集名称、描述及对应的基因列表构成，本文提供了一个具体的示例，包括数据准备、构建gmtInfo类及实现gmt文件的输出。
c2. cp. kegg. v7. 4. symbols. gmt - GitHub
Reproducible Analysis and Validation of Expression Data - gianninh ValidationAnalysis