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- 如何快速纠正VCF文件中REF和ALT的位置错误？ - 简书
$ bcftools view -R array_chr_pos txt 3k29mio vcf gz -Oz -o 3k overlap vcf gz ## 3K位点由于是plink1 9转化而来，ref和alt可能发生了调换，需要纠正过来方能合并。
- 如何快速纠正VCF文件中REF和ALT的位置错误？ - 生物信息与育种 - 博客园
使用 bcftools norm 来解决，它通常用于对VCF文件进行规范化处理，包括拆分多等位位点、合并相邻位点等。 $ bcftools norm --check-ref -s -f msu7 fa 3k overlap vcf gz -Oz -o 3k overlap fixref vcf gz Lines total split realigned skipped: 9334 0 0 0 REF ALT total modified added: 9334 4231 0
- Plugin fixref - GitHub Pages
Currently it can collect and print numbers useful in determining the strand convention (the stats mode), swap REF ALT alleles based on the SNP reference ID (the id mode), flip or swap non-ambiguous SNPs (the flip mode), or convert from the Illumina TOP strand convention to the forward strand (the top mode)
- 如何在bcftools中使用插件命令？-腾讯云开发者社区-腾讯云
在命令行上工作时，我首先设置了以下环境： export BCFTOOLS_PLUGINS= path to bcftools plugins 对于不匹配的测试数据集，建议使用以下代码： bcftools +fixref test bcf -Ob -o outp
- BCFtools 常见问题解决方案 - CSDN博客
解决步骤： 检查依赖库：确保系统中已安装所有必要的依赖库，如 zlib、htslib 等。 下载源码：从 GitHub 仓库下载 BCFtools 的源码。 编译安装：按照官方文档中的步骤进行编译和安装。 通常包括以下命令：
- 生信软件14 - bcftools提取和注释VCF文件关键信息 - 知乎
bcftools可用于变异信息的描述性统计，计算，过滤和格式转换。 1 显示VCF文件的头信息bcftools view -h sample vcf ##fileformat=VCFv4 2 ##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">…
- bcftools norm --check-ref not flagging alleles - GitHub
A quick workaround is to use standard filters for problematic REF ALT alleles This won't catch the SNPs with incorrect REF ALT due to chip design mapping issues though
- 最全bcftools使用说明--只看本文就够了 - 简书
在有索引文件存在的条件下，BCFtools 可以应用于所有场景，在没有索引文件存在时，BCFtools只能应用于部分场景。 通常，在同时读取多个VCFs时，必须对它们建立索引和压缩。
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