- gmx energy - GROMACS 2025. 4 documentation
Use the gmx dos program if you need that (and you do) Option -odh extracts and plots the free energy data (Hamiltoian differences and or the Hamiltonian derivative dhdl) from the ener edr file
- GROMACS中文手册：第八章 分析|Jerkwin
如果需要分析部分或全部的 能量 和其他性质, 如 总压力, 压力张量, 密度, 盒子体积 和 盒子尺寸, 请使用 gmx energy 程序 可以从一系列能量列表中进行选择, 如势能, 动能或总能, 也可以从对能量单独贡献的部分中进行选择, 如Lennard-Jones或二面角能量
- [GROMACS] Gromacs如何计算同组分子内的相互作用能？
本帖最后由 yuancheng 于 2020-5-17 23:02 编辑 作为一名初学者，目前刚学会了 gmx mdrun 方法计算两个不同能量组之间的相互作用能，即如图所示*ndx中a与b之间的。 gmx energy命令后选取：21 Coul-SR:a-b、22 LJ-SR:a-b 两相数据作为短程库伦相互作用和短程范德华相互作用进行分析。
- gromacs 分子动力学模拟结果分析简要笔记 - 课题组新闻 . . .
通过 gmx energy 命令提取模拟过程中随时间变化的体系参数数据，然后利用此命令给出的各参数平均值等数据，以及根据数据绘制得到的参数随时间变化的折线图，即可以判断体系是否在预设的参数条件下运行。
- gmx_mmpbsa_残基能量分解_哔哩哔哩_bilibili
gmx_mmpbsa_自由能计算，残基能量分解, 视频播放量 564、弹幕量 0、点赞数 7、投硬币枚数 9、收藏人数 20、转发人数 4, 视频作者 开心小麦子, 作者简介 ，相关视频：一键分子动力学模拟（Gromacs_GUI）windows版，2 OpenBabel安装（Autodock_GUI），分子动力学模拟
- 自由能形貌图的绘制 | 模拟轨迹的PCA处理 | GROMACS - 知乎
要获得主成分，需要对轨迹进行主成分分析，gmx提供了 covar 命令和 anaeig 命令帮助我们进行相关分析。 请一定注意要在PCA之前消除轨迹的平动和转动，以免分子的整体运动影响分子内部运动的分析。
- 使用gmx energy 计算相同组分间作用力，如何正确操作呢 . . .
[GROMACS] 使用gmx energy 计算相同组分间作用力，如何正确操作呢？
- 使用GROMACS计算分子间相互作用|Jerkwin
使用 gmx energy 分析计算相互作用的能量 具体计算方法如下表所示： 注：AB为A和B整个体系的相互作用；A-B为A和B之间的相互作用 下面是计算的两种染料分子 (各27个)之间的相互作用, 在水溶液中, 染料分子均呈阴离子形式存在 (每个染料分子均带两个负电荷) 由于计算的染料是都是阴离子, 相互之间形成聚集体, 虽然短程静电相互作用为负值, 但长程静电相互作用为正值, 总的静电相互作用能为正值, 并且总相互作用能也为正值
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